14世纪末，元帝国灭亡，但残部依托“凉州会盟”而获得的与吐蕃的关系，使得 安多 地区处于混乱之中。此时，在这里建寺的三丹罗追喇嘛利用自己的宗教与政治影响力，助力招抚在元明之间摇摆的藏族部族。此后三丹罗追以其政治远见前往 南京 向明王朝寻求扩张寺院的支持。洪武二十六年(1393年)，太祖朱元璋取义佛祖的姓给三丹罗追的寺院赐名“瞿昙寺”，题匾于瞿昙殿。 
自此三丹罗追的弘法意愿与明朝控制 西北 的国家战略结合在一起，在太祖、成祖、仁宗、宣宗四朝三十余年间获得朝廷支持。 
确切地说，瞿昙寺是一座汉式格鲁派佛教寺院，在上世纪中叶又幸免于毁，得以完整保存。瞿昙寺整体建在一个土堡里，土堡的墙现在还残存了一段，在山门外西边可以看见。从山门外你看不出这座寺院有什么特别，反而显得古拙… 这是山门外 
这是山门内。进了山门，东西两侧是碑亭，亭的顶有紫禁城角楼的模样，北是金刚殿，殿两侧廊厩分割形成第一进院落。 
亭内各有一通明碑，均是关于敕建瞿昙寺有关的记述。 
从这里，朴实无华的殿堂建筑开始从每一个构件透出威仪气象。 
金刚殿里“独尊”二字明确了瞿昙寺的政治地位。第二进院落以瞿昙殿为中心，东西配殿、白塔等具由回廊围绕。 
瞿昙寺匾悬于殿内，中奉释迦、 弥勒 、燃灯三佛，西侧有阿底峡、仲敦巴、莲花生等大师像。 
东、西配殿形制相同，又有区别，而这区别很好地说明了建筑美学中比例关系的重要性。这是东配殿。 
这是西配殿。 
这是东配殿回廊的柱子，简洁流畅的装饰板多有魅力。瞿昙殿的梁上记录了大修的时间和捐资人。 
瞿昙殿后是第三进院落，由宝光殿、隆国殿及相应配殿组成，这里也是全寺的核心，寺中现存珍贵文物大多在这个区域。 
这是隆国殿，下一张是从隆国殿远眺雪峰。 
东西抄手廊都是明代壁画。 
对这些壁画正在进行修复，修复者是国内高手。 
壁画不仅在东西抄手廊，就是各殿内、梁、椽、门等各处都有。 
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